中國科學院新型特種精細化學品工程實驗室依托廣州化學，由院科發局統籌管理。“工程實驗室”實行理事會領導下的主任負責制，下設研究開發部（包括6個研發技術部門，1個技術與標準部，負責技術研發、標準制訂等）、技術中試與轉化部（負責實驗室小試成果的中試和轉化）、檢測分析部（檢測方法與技術）、對外合作部（負責對外技術合作與交流）、綜合管理部等部門。實驗室成立由行業內院士、著名專家、學者等組成技術委員會，把握實驗室研發方向。
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